Using R to Fit an individual growth model like in Microsoft Excel.

Authors

  • Dr. Jorge Payán Alejo Facultad de Ciencias del Mar, Universidad Autónoma de Sinaloa Author https://orcid.org/0000-0003-4636-0274
  • M. en C. Juan Felipe Roberto Vallarta Zárate Centro Regional de Investigación Pesquera, Instituto Nacional de Pesca, Calzada Sábalo-Cerritos S/N. Contiguo Estero El Yugo, C.P. 82112, Mazatlán, Sinaloa, México. Author https://orcid.org/0000-0001-8654-8728
  • M. en C. Jesús Ramón Rendón Martínez Centro Regional de Investigación Pesquera, Instituto Nacional de Pesca, Calzada Sábalo-Cerritos S/N. Contiguo Estero El Yugo, C.P. 82112, Mazatlán, Sinaloa, México. Author https://orcid.org/0009-0002-7954-8716
  • L.B.P. Efrain Delgado Robles Posgrado en Ciencias en Recursos Acuáticos, Facultad de Ciencias del Mar, Universidad Autónoma de Sinaloa, Paseo Claussen S/N C.P. 82000, Mazatlán, Sinaloa, México. Author https://orcid.org/0000-0002-4799-0836

Keywords:

Code, fit, parameters, log likelihood, uncertainty

Abstract

R programming language is a free software environment, which, in recent years, has been widely used for data analysis and in the fisheries sciences field it is not an exception.  In this manuscript, we conducted an open-source code function in R to optimize the parameters of an individual growth model, in order to emulate Microsoft Excel working approach. The von Bertalanffy model was used to develop a function, which was fitted to a multiplicative error structure using double-blind peer-reviewed data for validation. The function showed good performance obtaining coincidences with the optimized parameters in relation with the double-blind reviewed data, consequently, it is highly recommended to use this function in the individual-growth parameters estimation

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Author Biography

  • M. en C. Juan Felipe Roberto Vallarta Zárate, Centro Regional de Investigación Pesquera, Instituto Nacional de Pesca, Calzada Sábalo-Cerritos S/N. Contiguo Estero El Yugo, C.P. 82112, Mazatlán, Sinaloa, México.

    Maestro en Ciencias por la UNAM, Investigador Titular del INAPESCA, especialista en evaluaciones acústicas de biomasa de recursos pesqueros, principalmente pelágicos menores. Modelación pesquera y análisis geoespaciales de distribución de recursos marinos y flotas pesqueras. Responsable de las evaluaciones acústicas y otros estudios a bordo del Buque Dr. Jorge Carranza Fraser, Ecología, Dinámica de Poblaciones, Variabilidad Ambiental, Cambio Climático

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Published

2024-03-21

Issue

Vol. 1 No. 2 (2024): Revista Ciencias del Mar, UAS.

Section

Nota científica

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